Lista de conjuntos de dados sobre cordoma disponíveis ao público
Explore uma lista abrangente de conjuntos de dados sobre cordoma disponíveis ao público, que inclui recursos publicados e não publicados, acessíveis a pesquisadores e profissionais da área clínica. Essa planilha atualizada em tempo real reúne uma variedade de tipos de dados, incluindo RNA-seq, metilação, WES e WGS, fornecendo informações valiosas para apoiar a pesquisa sobre cordoma e aprofundar os conhecimentos sobre a doença.
Dados de sequenciamento do modelo
A Chordoma Foundation realizou uma caracterização abrangente de 21 linhagens celulares de cordoma e 12 modelos de xenoenxertos derivados de pacientes (PDX) utilizando o sequenciamento do exoma completo (WES) (100X, pares de sequências de 150 pb) e do sequenciamento completo do transcriptoma (WTS) (80 milhões de leituras, pares de sequências de 150 pb). Cada modelo foi submetido ao WTS em quatro réplicas biológicas (ou seja, tumores PDX distintos ou placas de cultura de células) ao longo de pelo menos duas passagens, a fim de levar em conta a variabilidade na expressão gênica.
Os dados brutos de sequenciamento estão disponíveis para download no Cavatica.
Os dados resumidos do sequenciamento dos modelos estão disponíveis no PedcBioPortal.
Instruções sobre como acessar os dados brutos de sequenciamento no Cavatica
Crie uma conta no Cavatica e solicite acesso ao “Conjunto de Dados da Chordoma Foundation”. Assim que o acesso for aprovado, localize os arquivos nas subpastas “Model_Data_Batch_1” e “Model_Data_Batch_2”. Os dados mais recentes de RNA-Seq podem ser encontrados na pasta “Model_Data_Batch_2”, especificamente na subpasta “source-data”.
Ao navegar pelo Cavatica, a coluna “Sample ID” indica o nome do modelo, enquanto “Sample Type” indica se trata de uma linhagem celular ou de um PDX. Os arquivos relevantes estão categorizados em “Experiment Strategy” como RNA-Seq. Cada modelo inclui N=4 arquivos de RNA-Seq de réplicas biológicas, com os arquivos de réplicas rotulados como R1, R2, R3, R4 ou, ocasionalmente, D1. Observe que os dados das 21 linhagens celulares e dos 12 PDXs se estendem por várias páginas.
Aqui estão algumas informações sobre o download de dados em massa do Cavatica.
Caso precise de ajuda com o acesso aos dados ou com a navegação, entre em contato conosco.
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