Dados de sequenciamento do modelo
A Chordoma Foundation realizou uma caracterização abrangente de 21 linhagens de células de cordoma e 12 modelos de xenoenxertos derivados de pacientes (PDX) usando o Sequenciamento de Exoma Completo (WES) (100X, 150bp paired-end) e o Sequenciamento de Transcriptoma Completo (WTS) (80M reads, 150bp paired-end). Cada modelo foi submetido ao WTS em quatro réplicas biológicas (ou seja, tumores PDX distintos ou placas de cultura de células) em pelo menos duas passagens para levar em conta a variabilidade da expressão gênica.
Os dados brutos de sequenciamento estão disponíveis para download no Cavatica.
Os dados resumidos do sequenciamento do modelo estão disponíveis no PedcBioPortal.
Instruções sobre como acessar os dados brutos de sequenciamento no Cavatica
Registre-se para obter uma conta no Cavatica e solicite acesso ao "Chordoma Foundation Dataset". Depois que o acesso for aprovado, localize os arquivos nas subpastas "Model_Data_Batch_1" e "Model_Data_Batch_2". Os dados de RNA-Seq mais recentes podem ser encontrados na pasta "Model_Data_Batch_2", especificamente na subpasta "source-data".
Ao navegar pelo Cavatica, a coluna "Sample ID" (ID da amostra) indica o nome do modelo, enquanto "Sample Type" (tipo de amostra) indica uma linha celular ou PDX. Os arquivos relevantes são categorizados em "Experiment Strategy" (Estratégia de experimento) como RNA-Seq. Cada modelo inclui N=4 arquivos RNA-Seq de réplica biológica, com arquivos de réplica rotulados como R1, R2, R3, R4 ou, ocasionalmente, D1. Observe que os dados das 21 linhas de células e dos 12 PDXs abrangem várias páginas.
Aqui estão algumas informações sobre downloads de dados em massa do Cavatica.
Se precisar de ajuda com o acesso aos dados ou com a navegação, entre em contato conosco.
Lista de conjuntos de dados de cordoma disponíveis publicamente
Explore uma lista abrangente de conjuntos de dados de cordoma disponíveis publicamente, apresentando recursos publicados e não publicados acessíveis a pesquisadores e clínicos. Essa planilha em tempo real captura uma série de tipos de dados, incluindo RNA-seq, metilação, WES e WGS, fornecendo dados valiosos para apoiar a pesquisa de cordoma e aprimorar os insights.
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